La primera junta se realizó en 1990.
“1ª Junta INIA 1990”, presidente de la República, Luis Alberto Lacalle, ministro Álvaro Ramos, José Miguel Otegui y Roberto Symonds.[/caption]
De esta manera, el organismo de máxima jerarquía estaría conformado por dos representantes del Poder Ejecutivo propuestos por el Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca, y dos representantes de los productores, uno a propuesta de la Asociación Rural del Uruguay (ARU) y la Federación Rural del Uruguay (FRU), y el otro a propuesta de las Cooperativas Agrarias Federadas (CAF), la Comisión Nacional de Fomento Rural (CNFR) y la Federación Uruguaya de Centros Regionales de Experimentación Agrícola (Fucrea). La primera conformación tuvo como miembros a los ingenieros agrónomos José Miguel Otegui (presidente), Marcial Abreu (vicepresidente), Roberto Symonds (representante de ARU y FRU) y Juan Pedro Hounie (representante de CAF, Fucrea y CNFR), quienes asumieron en la ceremonia oficial de 1990 ante el primer mandatario y el entonces ministro de Ganadería, Agricultura y Pesca, Álvaro Ramos.
La Junta Directiva actual está conformada por los agrónomos José Bonica (presidente), Walter Baethgen (vicepresidente), Rafael Secco (representante de ARU y FRU), Alberto Bozzo y Alejandro Henry (representante titular y suplente de CAF, Fucrea y CNFR, respectivamente). El INIA es clave en el desarrollo del agro.
Primer presidente del INIA Ing. Agr. José Miguel Otegui dando su discurso.
En la primera sesión de la Junta Directiva, José Miguel Otegui, que fue su primer presidente expresó que “como objetivo la creación y comunicación del conocimiento al servicio del trabajo agropecuario es una actividad estratégica para el desarrollo del sector”. En referencia al rol del INIA, subrayó la importancia de “poner en las porteras de los establecimientos las propuestas tecnológicas capaces de aumentar la producción” y enfatizó que “la inversión en investigación tecnológica es de las más rentables”.
Al día de hoy, INIA mantiene la estructura de co-gobierno estipulada hace 31 años en su ley de creación. Esta formación asegura la consideración de las necesidades de los productores, el sector privado y el gobierno al momento de definir las líneas de investigación del instituto.